Referentiebeheer: Mendeley

Mendeley Reference Manager

• Als je het nog niet gedaan hebt, maak een gratis account aan (NB we hebben geen institutioneel account bij de UU)
  • om problemen met het inloggen in Mendeley Reference Manager te voorkomen kun je het beste een account aanmaken met een privé mailadres en NIET met je UU mailadres. Als je je wachtwoord bent vergeten klik op 'Forgot password?' om te resetten.
     
• UU-student:
  • Download en installeer Mendeley Reference Manager
  • Installeer indien gewenst de Mendeley Web Importer (zie hierboven) en de Citation plugin voor Word (Mendeley Cite)
  • Open Reference Manager vervolgens hier: mendeley.com/reference-manager

• UU-medewerker:
  Zie hierboven, Mendeley staat niet meer in het UU softwarecenter.
   
• UMCU-medewerker:
  Als je Mendeley wilt installeren neem dan contact op met de UMCU Helpdesk. Zie de Informatie op het UMCU intranet. NB: the Mendeley Web Importer kan niet worden geïnstalleerd binnen de UMCU omgeving.
   
• Installeer indien gewenst de Mendeley Web Importer (voor Chrome, Microsoft Edge en Firefox) in je browser en sleep/vind de button in je bookmarks/favorieten. Deze browserextensie scant je huidige browservenster op verwijzingen naar artikelen en haalt waar mogelijk metadata en full-text pdf's op om die toe te voegen aan je bibliotheek.  
• Indien gewenst installeer ook de Citation plugin voor Word (Mendeley Cite).

Aan de slag:
In Mendeley Reference Manager kies je onder 'Collections' voor 'New collection'.
Handige startpagina voor MRM: https://www.mendeley.com/guides/mendeley-reference-manager/01.-your-mendeley-library 

Tips & tricks

• Je kunt Mendeley Desktop(voorlopig nog) tegelijk met Mendeley Reference Manager gebruiken. Als je handmatig synchroniseert in Mendeley Desktop, zullen alle wijzigingen die je hebt aangebracht automatisch updaten in Mendeley Reference Manager. En omgekeerd: alle wijzigingen die je in Mendeley Reference Manager maakt worden automatisch gesynchroniseerd naar de cloud en worden zichtbaar in Mendeley Desktop nadat je daar een handmatige synchronisatie hebt uitgevoerd.
• Voor je telefoon: download de gratis app voor iOS of Android uit je appstore

Mendeley biedt een aantal opties om referenties te verzamelen.

Mendeley Reference Manager
Opties:
1. vanuit een andere al bestaande verzameling referenties importeren (bijvoorbeeld vanuit een andere reference tool);
2. voeg files toe vanaf je computer (drag & drop);
3. handmatig toevoegen
https://www.mendeley.com/guides/mendeley-reference-manager/02.-adding-references

Extra optie: de Mendeley Web Importer
Sla verwijzingen van internet rechtstreeks op in je Mendeley-bibliotheek met de Mendeley Web Importer. Deze browserextensie scant je huidige browservenster op verwijzingen naar artikelen en haalt waar mogelijk metadata en full-text pdf's op om die toe te voegen aan je bibliotheek.
https://www.mendeley.com/guides/web-importer

Elsevier optie: vanuit een zoeksysteem met Direct Export
Vanuit andere Elsevier producten, zoals Scopus en ScienceDirect, kun je via de Direct Export optie referenties importeren in Mendeley.

1. Log in bij Mendeley voor je gaat zoeken
2. Selecteer de titel(s) uit de resultatenlijst en klik op Export. Vervolgens kies je voor de optie Mendeley.

NB. Let goed op, lang niet altijd zal Mendeley alle gegevens (correct) vinden en toevoegen, dus kijk altijd je referenties na. Verbeter en vul aan waar nodig.
 

Tips & tricks

• Zoek m.b.v het zoekvenster op Mendeley.com en  klik 'Add to library' om gevonden referenties toe te voegen. Deze tool vult ontbrekende referentiegegevens aan, maar werkt minder goed bij relatief onbekende bronnen en kan dan zelfs verkeerde informatie toevoegen of gegevens overschrijven. Blijf dus altijd zelf controleren!
• In Desktop kun je een DOI, PMID of ArXiv ID gebruiken om gegevens op te halen. Plak de identifier in het daartoe bestemde veld en klik op het vergrootglas. Het item wordt dan opgezocht in de Mendeley Catalogue en zal referentiegegevens van de titels ophalen bij andere Mendeley gebruikers. Als de referentie nieuw is zullen gegevens opgehaald worden bij de aanbieder van de identifier.
  Ook in Reference Manager kun je op die manier automatisch gegevens laten ophalen. Ga naar 'Add new', 'Add Manual Entry' en kopieer en plak de doi in het betreffende veld.
   
• 

Let op! de gegevens kunnen incompleet of fout zijn, dus controleer altijd alle gegevens zelf!

Je kunt je bronnen in Mendeley op verschillende manieren organiseren en er informatie aan toevoegen. Zo kun je referenties een ster geven zodat ze in je 'Favorites' map komen of markeren als (niet-)gelezen. Je kunt ook zelf mappen aanmaken.
Als je een referentie toevoegt aan een nieuw gemaakte folder/collectie verplaats je hem niet, maar geef je de referentie een label. Alle referenties blijven in de folder ‘All References’ staan. Als je een folder/collectie verwijdert dan blijft de referentie beschikbaar in ‘All References’.

Mendeley Reference Manager
(o.a. bestaande collecties beheren en nieuwe collecties aanmaken en zoeken)
https://www.mendeley.com/guides/mendeley-reference-manager/03.-searching-and-organizing-references 
(o.a. selecteren, notities toevoegen, markeren, sticky notes toevoegen, inzoomen)
https://www.mendeley.com/guides/mendeley-reference-manager/04.-reading-and-annotating-documents

NB. Indien je de gegevens van een referentie wilt aanpassen klik dan op de betreffende titel en vervolgens op het aan te passen veld onder 'Info'.

In de PDF reader kun je documenten (pdf's) lezen en annoteren:

• In  Reference Manager klik je op het groene vinkje onder File, in Mendeley Desktop open je pdf's door op het PDF icoon te klikken.
  Bij beide systemen kan het ook door dubbel te klikken op de titel.  Het document opent in een aparte tab.
  
  
  
  In de PDF reader kan je:
  • Zoeken in de tekst (gebruik de zoek box rechtsboven in de taakbalk) De gebruikte zoektermen worden gemarkeerd in de tekst
  • Tekstgedeelten markeren (highlight)
  • In Desktop: Je kunt notities over het gehele document toevoegen middels het veld  'General notes'
  • Je kunt 'Sticky notes' toevoegen aan specifieke passages in de tekst (annoteren). In de tekst worden sticky notes aangeduid met een icoontje. Klik erop om de notitie te lezen.
    • In Desktop: Alle notities kunnen bekeken worden in de 'Notes' tab (naast de 'Details' tab in de rechter kolom).
    • In Reference Manager: om alle sticky notes in de PDF  te zien selecteer de 'Info' button en kies voor de 'Annotations' tab.
    • Voor meer informatie  over 'share, export, or print annotations', zie deze blog post.

Tips & tricks

• In Reference Manager: gebruik Mendeley Notebook om  highlights en notities van meerdere pdf's op een plek bij elkaar te bewaren. Je kunt het Notebook openen met de  knop 'Notebook' boven de PDF.
   

Mendeley Reference Manager
Mendeley Reference Manager ontdubbelt referenties automatisch bij het importeren. MRM kijkt hierbij naar referenties die al in je bibliotheek staan of gestaan hebben (ook eerder verwijderde referenties tellen mee). Je kunt dit proces niet stopzetten of beïnvloeden.
Aangezien Mendeley Reference Manager geen betrouwbare, transparante manier om te ontdubbelen heeft raden wij het gebruik van Mendeley in het onderzoek, zoals bij systematic reviews en meta-analyses, af. Kies in dat geval voor een andere referentie manager

Als je nog Mendeley Desktop hebt kun je nog handmatig ontdubbelen op de volgende manier:

• Selecteer in de linkerkolom de map  die je wilt ontdubbelen, dat kan de map 'All Documents' zijn, maar ook een zelfgemaakte map
• Ga naar het Tools menu en kies voor 'Check for Duplicates' 
• Je krijgt dan een lijst van dubbele items te zien
• Klik op de titel die wilt ontdubbelen om de onderliggende dubbele referenties te bekijken (kies 'Details' in de rechter kolom)
• Mendeley geeft aan welke velden van de oorspronkelijke titels zijn gekozen. Je kunt dit aanpassen door de checkbox naast elk veld aan of uit te vinken
• Klik dan op 'Merge documents' om de referenties samen te voegen
• Je kunt ook kiezen voor 'Not a duplicate' om allebei de referenties te behouden
• Herhaal deze stappen voor al je dubbele titels

Let op: Ook Mendeley Desktop kan automatisch titels ontdubbelen bij het importeren, zonder dat je dat in de gaten hebt of kunt controleren. Je kunt dit ook niet uitzetten. Je kunt hierdoor referenties kwijtraken die je wel had willen hebben. Om deze reden is Mendeley NIET geschikt om te gebruiken bij een systematic review.

Voor meer informatie over ontdubbelen in Desktop zie:
https://blog.mendeley.com/tag/deduplication/ 
of bekijk deze video's:

Source: https://www.youtube.com/watch?v=BzREf4RJ25w

Source: https://www.youtube.com/watch?v=0-p2XHRm-UE

Voor Mendeley Reference Manager: Mendeley Cite

Installeer Mendeley Cite voor Word (en Libre Office).
Voor meer informatie over Mendeley Cite zie de help guide, bijvoorbeeld over:

• hoe open je Mendeley Cite
• het invoegen van een citatie in je tekst
• het handmatig aanpassen van een referentie, bijvoorbeeld om een paginanummer toe te voegen
• het maken van een literatuurlijst
• het kiezen of wisselen van een citatiestijl
• Mendeley Citation Hub 

NB. Je kunt Mendeley Cite ook gebruiken met Mendeley Desktop zolang je een ondersteunde versie van Microsoft Word gebruikt en je Mendeley Library gesynchroniseerd is in de cloud.

Voor Mendeley Desktop: de Mendeley Citation Plugin
(zie ook Mendeley Cite)

Mendeley Desktop Applicaties kunnen niet meer worden geinstalleerd.
Gebruik je nog Mendeley Desktop en de Mendeley Citation plugin, dan vind je hieronder nog wat informatie en hulpgidsen.

Open Word en kijk onder de knop Referenties/References, daar zie je een setje tools voor Mendeley:

NB. Bij Libre Office of Microsoft Word for Mac ziet het er net iets anders uit.

Voor meer informatie over de Mendeley Citation Plugin zie de help guide, bijvoorbeeld over:

• het invoegen van citaties in een tekst
• het maken van een literatuurlijst
• hoe je kunt wisselen van citatiestijl
• hoe je citaties kunt samenvoegen en aanpassen
• en hoe je het document kunt exporteren

Documenten delen met anderen en  samenwerken in groepen kan in 'private groups'. Iedereen kan onbeperkt aan private groups deelnemen, maar als gratis gebruiker mag je er maar max. 5 aanmaken met max. 25 deelnemers.

Je kunt de full text van je pdf toevoegen aan een de groep zodat iedereen met en in hetzelfde document werkt. Iedereen kan dan de tekst highlighten en notities toevoegen.

Private groups voor Mendeley Reference Manager
https://www.mendeley.com/guides/private-groups/mendeley-reference-manager/01-adding-documents-private-group

N.B. soms is er in handleidingen nog sprake van Public Groups en Invite-only groups. Die bestaan echter niet meer sinds april 2020.

Mendeley Reference Manager. Synchroniseren

Mendeley Reference Manager slaat al je referenties op in de cloud (dus niet lokaal op je computer). Als je online bent wordt er automatisch gesynchroniseerd en worden alle aanpassingen die je hebt gemaakt opgeslagen. Houd je cursor boven het sync icoontje om te zien wanneer er voor het laatst is gesynchroniseerd of klik op het icoontje om handmatig te synchroniseren.

Zie ook: https://www.mendeley.com/guides/mendeley-reference-manager/07.-syncing

Let op! Het is mogelijk om offline handmatig referenties toe te voegen in MRM. Zorg er dan wel voor dat je regelmatig online werkt om te synchroniseren met de cloud.

Het offline gebruik van Mendeley Reference Manager kent wel een aantal bekende problemen. Lukt het bij jou niet, kijk dan eens hier: https://service.elsevier.com/app/answers/detail/a_id/29758/supporthub/mendeley/p/16075/

Exporteren

Je kunt je referenties ook exporteren naar een bestand.  Je kunt dit bestand later (of in een ander programma) weer importeren. 
Voor instructies ga naar: Mendeley Desktop of: Mendeley Reference manager.