Skip to Main Content
Universiteitsbibliotheek – LibGuides

Training new Pubmed: 2. MeSH

Training over de nieuwe versie van Pubmed

Leerdoelen

Je kunt uitleggen wat een MeSH-term inhoudt.

Je kunt MeSH-termen toepassen in je zoekstrategie om het aantal relevante literatuur binnen de resultaten in PubMed te vergroten,

OPDRACHT 4

Lees de tekst in het blok 'MeSH termen' hiernaast.

Ga in PubMed terug naar de resultatenlijst van je zoekactie uit opdracht 2 (Je kunt hiervoor de ‘Back’-functie van je browser gebruiken).

Probeer bij enkele oudere referenties uit te vinden welke MeSH termen er aan zijn toegekend.

OPDRACHT 5

Lees de tekst in het blok 'MeSH Database' hiernaast.

Ga terug naar het beginscherm van PubMed door links bovenin het scherm op  undefined te klikken.

Open de ‘MeSH database’ en voer de zoekterm 'Breast Cancer' in en druk op Enter. Kies de eerste mogelijkheid door op het blauw onderstreepte trefwoord te klikken. Bekijk het resultaat. 'Breast Neoplasms' is dé enige MeSH term die kunt gebruiken. Breast Cancer is dus géén MeSH term!

Let op: Je zoekt nu dus NIET in de databank met artikelen, maar in de MeSH database!

OPDRACHT 6

Zoek vanuit de MeSH Database in PubMed naar de MeSH-term 'AIDS' op de manier die beschreven wordt in de box MeSH Database.

Hoeveel referenties krijg je? Vergelijk dit met je eerdere zoekactie uit opdracht 1 naar AIDS.

Hoe verklaar je het verschil in aantal referenties?
(klik op de vraag om het antwoord te zien)

OPDRACHT 7

Lees de tekst in het blok 'Automatic Term Mapping' hiernaast.

Ga in PubMed via de ‘Back’-functie van je browser terug naar terug naar het beginscherm van PubMed. Voer in het zoekvenster de term Alzheimer in en klik op ‘Search’ en vervolgens op 'advanced'. Kijk nu bij ‘Details’ om te zien hoe PubMed de zoekopdracht ‘vertaalt’.  Zoals je ziet wordt automatisch de overeenkomstige MeSH-term 'Alzheimer Disease' meegenomen in je zoekactie.

Doe nu hetzelfde met de zoekterm Besnier-Boeck; ga naar 'advanced' en kijk bij de search details. Doe het nogmaals maar dan voor Besnier-Boeck Disease. De enige geschikte MeSH term die je zou moeten gebruiken is nu wél toegevoegd (Sarcoidosis), wat resulteert in veel meer resultaten.

MeSH on Demand

Onlangs lanceerde de National Library of Medicine een nieuwe tool: MeSH on Demand.

Hiermee kun je op basis van stukken tekst (bijvoorbeeld een protocol, of een samenvatting van een sleutelartikel) MeSH-termen laten genereren.

Zie: MeSH on Demand

PubMed TV: MeSH

PubMed TV: Automatic Term Mapping

Pubmed tutorial Subject search how it works

MeSH termen

Elke referentie in PubMed wordt op een gegeven moment voorzien van trefwoorden. Dit proces heet ‘indexering’. De trefwoorden in PubMed staan bekend als ‘MeSH-termen’ (MeSH = Medical Subject Headings). Het grote voordeel is dat een artikel met een korte, weinig zeggende titel, tóch gevonden wordt in de database. De nieuwste, meest recente artikelen vind je echter niet door alleen op MeSH termen te zoeken.

Als je in de resultatenlijst op de titel van een referentie klikt, zie je onderaan bijvoorbeeld: 

MeSH Database

Er is een aparte databank van MeSH-termen: de MeSH Database. In deze databank staan alle MeSH-termen die in PubMed als trefwoord gebruikt mogen worden. Je vindt de MeSH Database op het beginscherm van PubMed, onder ‘Explore’.

undefined

In de MeSH Database vind je voor elke MeSH-term de precieze betekenis van de term, de verfijningen (‘Subheadings’); zoektermen die automatisch vertaald worden naar deze MeSH-term (‘Entry Terms’), soms ook ‘Previous Indexing’ (als vroeger een ander trefwoord gebruikt werd) en ‘See Also’ (verwijzingen naar andere MeSH-termen). Ten slotte vind je er een overzicht van de relatie tussen indextermen onderling. MeSH-termen zijn georganiseerd in een boomstructuur, en zoals je zal zien kan een MeSH-term in verschillende ‘bomen’ voorkomen.

Je kunt de informatie in de MeSH Database gebruiken om je zoekactie aan te passen: soms vind je hier synoniemen, of ideeën om je zoekactie te verfijnen of juist uit te breiden.

Je kunt vanuit de MeSH Database direct zoeken in PubMed: In de rechterkolom vind je bovenaan de ‘PubMed Search Builder‘. Via de knop ‘Add to Search Builder’ komt de gekozen MeSH-term in dit zoekvenster te staan. Met de knop ‘Search PubMed‘ zoek je de MeSH-term vervolgens in PubMed. Als je de MeSH-term in combinatie met bepaalde ‘Subheadings’ wilt zoeken, vink je eerst de desbetreffende ‘Subheadings’ aan.

undefined

 

Let op: er zitten verschillende nadelen aan het uitsluitend zoeken op MeSH-termen:
  1. De MeSH-database wordt elk jaar aangepast. Hierbij worden MeSH-termen toegevoegd en verwijderd. Aan reeds geïndexeerde artikelen wordt dan echter niet automatisch de nieuwe MeSH-term toegekend. Deze artikelen zul je bij het zoeken op de nieuwe MeSH-term dus niet vinden.
  2. Aan de meest recente artikelen nog geen indextermen toegekend. Ook deze artikelen zullen bij het uitsluitend zoeken op MeSH-termen dus gemist worden.

Automatic Term Mapping

PubMed zet ingevoerde zoektermen waar mogelijk automatisch om naar MeSH-termen. Dit wordt Automatic Term Mapping genoemd. Vervolgens zoekt PubMed zowel op de letterlijk ingevoerde zoekterm (in ‘All Fields’), als op de overeenkomstige MeSH-term. Realiseer jezelf dat je het niet eens hoeft te zijn met de ‘vertaling’ naar MeSH-termen, en dat de omzetting niet altijd is zoals je verwacht.

Om te controleren wat PubMed doet met de door jou ingevoerde zoektermen kun je kijken naar ‘Details‘. Je vindt  de search details onder 'advanced'. Het knopje details kun je uitvouwen. 

 

De vertaling van zoektermen (zie onder) door PubMed is heel soms niet logisch en consistent. Kijk dus altijd onder ‘Details’ hoe PubMed om gaat met de door jou ingevoerde zoektermen!