Skip to main content
Universiteitsbibliotheek – LibGuides

Biologie: Academisch Schrijven: f. Systematisch zoeken met PubMed

Informatievaardigheden voor biologen in drie werkcolleges

PubMed: speciaal voor biomedische onderwerpen

De zoekmachine van PubMed doorzoekt MEDLINE, de database van de Amerikaanse National Library of Medicine, met artikelen uit meer dan 5400 peer-reviewed biomedische tijdschriften.

Alle artikelen in MEDLINE worden door de NLM voorzien van Engelstalige Medical Subject Headings (MeSH); dit zijn gestandaardiseerde 'keywords''. Die MeSH-toekenning maakt dat je je bij het zoeken niet hoeft te bekommeren om bijvoorbeeld meervoudsvormen. Er zitten nog véél meer voordelen aan die MesH-labeling, bijvoorbeeld dat niet-Engelstalige artikelen eveneens gevonden worden, ook al zoek je alleen met Engelstalige termen.

- Lees de inforrmatie in de rechterkolom: over PubMed en over primaire versus secundaire literatuur

- Voer dan onderstaande OPDRACHT uit

OPDRACHT: Systematisch zoeken met PubMed

File:Batesplate ArM.jpgZoek in PubMed naar artikelen over batesian mimicry

Voor de zoekactie eerst weer uit zonder gebruik van "..." en daarna mét dubbele aanhalingstekens.

Vraag 42  Hoeveel artikelen vind je zonder de wildcards? Hoeveel met?

Vraag 43  Hoe verklaar je het grote verschil?  TIP: kijk in beide resultatenlijsten in de rechterkolom onder 'Search details'

Ga naar de resultatenlijst van de zoekactie mét de "..."

Vraag 44  Hoeveel daarvan zijn review artikelen? TIP: kijk bovenin de linkerkolom

Bovenin de lijst met reviews staat een publicatie van (Sherratt & Peet-Paré, 2017)

Vraag 45  In welk tijdschrift is dit gepubliceerd?

Klik  onder het Review-artikel van Sheratt & Peet-Paré op de link 'Similar Articles'

Vraag 46  Hoeveel treffers levert dat op?

Let op, je hebt het filter 'Review' nog aan staan:


Vraag 47  Hoeveel treffers krijg je als je het filter uitzet? 

 

Er zijn nog veel meer handigheden van PubMed te ontdekken (maar dat valt buiten het bestek van deze meer algemene training)!  Wil je echt efficiënt leren zoeken in PubMed? Doe dan op eigen gelegenheid de Training PubMed   .

Primaire < > Secundaire literatuur

Er is een groot verschil tussen zogenaamde Primaire en Secundaire literatuur!

  • Primaire onderzoeksartikelen (research articles) beschrijven gedetailleerd uitgevoerd onderzoek en zijn vaak de belangrijkste bron voor de meeste actuele ontwikkelingen. Originele onderzoeksartikelen worden gepubliceerd in talloze - vaak vakgebied-gespecialiseerde - tijdschriften zoals PLoS Biology, Cell, Genome Biology, Nature Cell Biology, The Lancet, Journal of Bacteriology, etc.
  • Secundaire artikelen (meestal Review genoemd) geven een samenvatting van een hele set publicaties over een bepaald onderwerp, met een uitgebreide literatuurlijst en een kritische evaluatie van de beschreven artikelen. Reviews verschijnen in:

Similar articles

Als je in PubMed op een treffer in de resultatenlijst klikt, zie je rechts in beeld een blok met ‘Similar articles’. Dit zijn artikelen over hetzelfde onderwerp, vaak ook van meer recente datum. Standaard worden 5 artikelen getoond. Via de  link ‘See all’ onderin het blok zie je ook de andere ‘Similar articles’ die bij de geselecteerde treffer horen.

PubMed vindt deze artikelen door via een gewogen algoritme te zoeken op woorden uit de titel, het abstract en de MeSH-termen van het oorspronkelijke artikel. Meer informatie hierover kun je vinden via de Help-functie van PubMed. De artikelen die volgens PubMed het meest relevant zijn, staan bovenaan de lijst. Je kunt de artikelen ook op datum sorteren (‘Sort By’, onder het kopje ‘Display Settings’).

Via ‘Similar articles’ kun je artikelen vinden die waardevolle aanvullingen bevatten op het oorspronkelijke artikel. Soms vind je ook artikelen die het oorspronkelijke artikel volledig onderuit halen. Dat is nuttige informatie die je eigenlijk niet mag missen!

Automatic Term Mapping

De door jou ingetypte zoektermen 'vertaalt' PubMed waar mogelijk automatisch in MeSH-termen. Dit wordt Automatic Term Mapping genoemd.

PubMed zoekt dan met:

  1. de letterlijk ingevoerde zoekterm in 'All Fields' van elke publicatie;
  2. de betreffende MeSH-term in ‘All Fields ' van elke publicatie;
  3. de betreffende MeSH-term in het veld 'MeSH terms' van elke publicatie

Hoe PubMed de door jou ingevoerde zoektermen precies heeft vertaald in een MeSH-term kun je zien in de rechterkolom van het resultatenscherm, onder ‘Search details‘.

De vertaling van zoektermen door PubMed is niet altijd logisch en consistent. Bekijk dus altijd de ‘Search details’ en pas zonodig de zoekactie aan.