Skip to main content
Universiteitsbibliotheek – LibGuides

Training PubMed: 2. MeSH

Leerdoel

In dit onderdeel bespreken we het gebruik van trefwoorden (MeSH-termen) in PubMed.

Deze kennis kun je meenemen als je voor een eigen onderwerp gaat zoeken.

OPDRACHT 4

Lees de tekst in het blok 'MeSH termen' hiernaast.

Ga in PubMed terug naar de resultatenlijst van je zoekactie uit opdracht 2 (Je kunt hiervoor de ‘Back’-functie van je browser gebruiken).

Probeer bij enkele referenties uit te vinden welke MeSH termen er aan zijn toegekend.

OPDRACHT 5

Lees de tekst in het blok 'MeSH database' hiernaast.

Ga terug naar het beginscherm van PubMed door links bovenin het scherm op  Logo PubMed te klikken.

Open de ‘MeSH database’ en voer de zoekterm Aids in. Kies de eerste mogelijkheid door op het blauw onderstreepte trefwoord te klikken. Bekijk het resultaat.

Let op: Je zoekt nu dus NIET in de databank met artikelen, maar in de databank met trefwoorden!

OPDRACHT 6

Zoek vanuit de MeSH Database, in PubMed naar de MeSH-term Aids, op de manier die beschreven wordt in het blok 'MeSH Database' hiernaast. 

Hoeveel treffers vind je? Vergelijk dit met je eerdere zoekactie naar Aids in Opdracht 1.

Hoe verklaar je het verschil?
(klik op de vraag om het antwoord te zien)

OPDRACHT 7

Lees de tekst in het blok 'Automatic Term Mapping' hiernaast.

Ga in PubMed via de ‘Back’-functie van je browser terug naar terug naar het beginscherm. Voer in het zoekvenster de term Alzheimer in en klik op ‘Search’. Kijk nu bij ‘Search details’ om te zien hoe PubMed de zoekopdracht ‘vertaalt’.  Zoals je ziet wordt automatisch de overeenkomstige MeSH-term meegenomen in je zoekactie.

Doe nu hetzelfde met de zoekterm Besnier-Boeck (Besnier-Boeck Disease is een synoniem voor sarcoidosis)  Hoe verwacht je dat PubMed deze zoekterm ‘vertaalt’? Gebeurt dat ook? (Kijk hiervoor weer bij ‘Search details’)

Voer nu Besnier-Boeck Disease in in plaats van Besnier-Boeck en kijk weer naar ‘Search details’. Wat is het verschil?

MeSH on Demand

Onlangs lanceerde de National Library of Medicine een nieuwe tool: MeSH on Demand.

Hiermee kun je op basis van stukken tekst (bijvoorbeeld een protocol, of een samenvatting van een sleutelartikel) MeSH-termen laten genereren.

Zie: MeSH on Demand

MeSH termen

Elke referentie in PubMed wordt voorzien van trefwoorden. Dit proces heet ‘indexering’. De trefwoorden in PubMed staan bekend als ‘MeSH-termen’ (MeSH = Medical Subject Headings).

In de resultatenlijst staat bij elke referentie in PubMed vermeld of het artikel al geïndexeerd is, dus voorzien is van trefwoorden. In dat geval staat onderaan bij het abstract:  [PubMed - indexed for MEDLINE]

De meest recente treffers zijn nog niet voorzien van trefwoorden, bij deze artikelen staat: [PubMed – as supplied by publisher] of [PubMed - in process].

Als je in de resultatenlijst op de titel van een referentie klikt, zie je onderaan het abstract eveneens een ‘pull-out’ menu ‘Publication Types, MeSH Terms, …’. Als je dit menu uitklapt (op de dubbele pijltjes helemaal rechts klikken), krijg je te zien welke trefwoorden aan deze referentie zijn toegekend.

MeSH Database

Er is een aparte databank van MeSH-termen: de MeSH Database. In deze databank staan alle MeSH-termen die in PubMed als trefwoord gebruikt mogen worden. Je vindt de MeSH Database rechts onderin het beginscherm van PubMed, onder ‘More Resources’.

screenshot more resources

In de MeSH Database vind je voor elke MeSH-term de precieze betekenis van de term, de verfijningen (‘Subheadings’); zoektermen die automatisch vertaald worden naar deze MeSH-term (‘Entry Terms’), soms ook ‘Previous Indexing’ (als vroeger een ander trefwoord gebruikt werd) en ‘See Also’ (verwijzingen naar andere MeSH-termen). Ten slotte vind je er een overzicht van de relatie tussen indextermen onderling. MeSH-termen zijn georganiseerd in een boomstructuur, en zoals je ziet kan een MeSH-term in verschillende ‘bomen’ voorkomen.

Je kunt de informatie in de MeSH Database gebruiken om je zoekactie aan te passen: soms vind je hier synoniemen, of ideeën om je zoekactie te verfijnen of juist uit te breiden.

Je kunt vanuit de MeSH Database direct zoeken in PubMed: In de rechterkolom vind je bovenaan de ‘PubMed Search Builder‘ . Via de knop ‘Add to Search Builder’ komt de gekozen MeSH-term in dit zoekvenster te staan. Met de knop ‘Search PubMed‘ zoek je de MeSH-term vervolgens in PubMed. Als je de MeSH-term in combinatie met bepaalde ‘Subheadings’ wilt zoeken, vink je eerst de desbetreffende ‘Subheadings’ aan.

PubMed Search Builder

 

Let op: er zitten verschillende nadelen aan het uitsluitend zoeken op MeSH-termen:
  1. De MeSH-database wordt elk jaar aangepast. Hierbij worden MeSH-termen toegevoegd en verwijderd. Aan reeds geïndexeerde artikelen wordt dan echter niet automatisch de nieuwe MeSH-term toegekend. Deze artikelen zul je bij het zoeken op de nieuwe MeSH-term dus niet vinden.
  2. Aan de meest recente artikelen nog geen indextermen toegekend. Ook deze artikelen zullen bij het zoeken op MeSH-termen dus gemist worden.

Automatic Term Mapping

PubMed zet ingevoerde zoektermen waar mogelijk automatisch om naar MeSH-termen. Dit wordt Automatic Term Mapping genoemd. Vervolgens zoekt PubMed zowel op de letterlijk ingevoerde zoekterm (in ‘All Fields’), als op de overeenkomstige MeSH-term. Realiseer jezelf dat je het niet eens hoeft te zijn met de ‘vertaling’ naar MeSH-termen, en dat de omzetting niet altijd is zoals je verwacht.

Om te controleren wat PubMed doet met de door jou ingevoerde zoektermen kun je kijken naar ‘Search details‘. Je vindt ‘Search details’ in de rechterkolom van het resultatenscherm:

Screenshot search details 'aids'

De vertaling van zoektermen door PubMed is niet altijd logisch en consistent. Kijk dus altijd onder ‘Search details’ hoe PubMed omgaat met de door jou ingevoerde zoektermen! Je kunt de uitgevoerde zoekactie zelf aanpassen in het ‘Search details’ scherm.